A gastronomia do Vila Naiá é resultado da contribuição de diversos chefes da alta gastronomia brasileira, entre eles Maria Alice Solimene, Rafael Rosa e Erick Zelazowski. Privilegia ingredientes da horta 100% orgânica do hotel, alimentos da estação, peixes e frutos do mar fornecidos pelos pescadores da Reserva Extrativista Marinha de Corumbau, e oferece pâtisserie produzida no local. A adega é abastecida com rótulos de diversas regiões do mundo. O café da manhã está incluído na tarifa.