Desde a sua criação, o Vila Naiá tem se pautado pela permanente utilização de práticas sustentáveis. O hotel possui um Centro de Ecoturismo e Educação Ambiental, integrado por um espaço dedicado a atividades com alunos e visitantes, um viveiro de mudas com espécies nativas e uma trilha ecológica, que possibilitam trabalhos com escolas da região.Mais do que evitar impactos, o Vila Naiá contribuiu para a ampliação das Unidades de Conservação de Fauna e Flora da região, com a criação da Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Carroula, área privilegiada entre os parques nacionais do Descobrimento e Monte Pascoal, e tem sua orla marítima abrangida pela Reserva Extrativista Marinha de Corumbau, destinada a proteger os meios de subsistência das comunidades costeiras locais.

Em 2007, o hotel iniciou o programa de compras verdes, priorizando a aquisição de produtos ambientalmente amigáveis, preservando a saúde de hóspedes, colaboradores e o meio ambiente. Além disso, utiliza aquecimento de água com coletores solares e tem um programa de gerenciamento de resíduos sólidos e tratamento de esgotos. Desta forma, evita que seus efluentes sejam lançados “in natura” nos rios ou no mar. Com o objetivo de aprimorar seus processos de gestão ambiental, o Vila Naiá iniciou a implantação de um Sistema de Gestão Ambiental baseado na norma ISO 14001:2004, tornando-se uma das primeiras organizações do setor a obter tal certificação.