Desde a sua criação, o Vila Naiá tem se pautado pela permanente utilização de práticas sustentáveis. O hotel possui um Centro de Educação Ambiental, integrado por um espaço dedicado a atividades com alunos e visitantes, um viveiro de mudas com espécies nativas e uma trilha ecológica, que possibilitam trabalhos com escolas da região.
Mais do que evitar impactos, o Vila Naiá contribuiu para a ampliação das Unidades de Conservação de Fauna e Flora da região, com a criação da Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Carroula, área privilegiada entre os parques nacionais do Descobrimento e Monte Pascoal, e tem sua orla marítima abrangida pela Reserva Extrativista Sustentável do Corumbau, destinada a proteger os meios de subsistência das comunidades costeiras locais. Sua intenção é reproduzir o ambiente de vila local de modo autêntico. Foram 12 anos de observação e interação com o local para que, hoje, o Vila Naiá proporcione uma experiência única a seus hóspedes.